Les organelles ont été appelées par le peuple que le premier les a vus et les a étudiés au 18ème et 19ème siècle. Ces noms ont été en grande partie basés sur les racines grecques et latines. Par exemple, pour le Mitochondrion, le mito est grec pour le « fil », et le chondrion est le diminutif des chondros grecs de mot signifiant le « grain ».